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种蛋品质的优劣是决定孵化成败和雏鸡质量关键之一。 母鸡产出的鸡蛋，被粪便、垫草等污染，放的时间越长，污染越严重。据研究证明，刚下的蛋，蛋壳表面细菌数为100 一300个，15分钟后约为500 —600个，一小时后达4000—5000 个。所以，鸡蛋产出体外后，以在收集后两小时内进行消毒最好。种蛋消毒的另一原因是，有些鸡病是通过蛋传播的。 如白痢、禽伤寒、副伤寒、大肠杆菌、亚利桑那菌病、慢性呼吸道病、禽脑脊髓炎、淋巴细胞性白血病、减蛋综合症等。 种蛋的消毒办法很多，归纳如下：

 (1）甲醛熏蒸法：在福尔马林（含36—40%的甲醛水 溶液）溶液中加高锰酸钾，也可以把福尔马林直接加热。一 般用量为每立方米空间用福尔马林20—40毫升，髙锰酸钾10 一20克，熏蒸20—30分钟。熏蒸时将种蛋放入室内，关严门窗，室内温度保持在20—25℃，相对湿度为75—80%。先在容器内加少量水，后加高锰酸钾，再加福尔马林。熏蒸容器最好是陶瓷或玻璃容器，但容积不能太小（至少为福尔马林及高锰酸钾总量的3 — 4倍），以免福尔马林溢出。熏蒸室内最好有鼓风装置，以便甲醛气能均匀地达到各个角落。熏蒸完后可打开门窗通风。但有资料报道，过度的通风会造成 蛋壳表面的二氧化碳及其它气体过度消失，而使孵化率降低。有的在熏蒸后用与福尔马林等量的16—18%氨水进行中和。小型鸡场，种蛋数量不多，可用塑料布封闭蛋架，将药放在架下进行熏蒸。经熏蒸后的种蛋，可杀死白壳蛋上的病源体95—98.5%或棕壳蛋上的97,5%。

(2）过氧乙酸（也叫过醋酸〉消毒法：据报道，它对各种细菌的繁殖体、芽胞、病毒及真菌等都有杀菌作用。消毒方法是：用40℃温水将过氧乙酸稀释为0.1%的水溶液，放入种蛋浸泡3 — 5分钟，取出晾干；或按每立方米空间1克. 纯过氧乙酸，在温度20—30℃，相对湿度70—90%的密闭条件下，将过氧乙酸放在陶瓷或搪瓷容器内，用电炉或酒精灯加热，使其冒尽烟雾后，熏蒸15—20分钟，然后通风排气。 据试验结果证明，种蛋经过氧乙酸浸泡后，可杀死蛋壳表面 99.78%的自然附着菌；经熏蒸后，种蛋表面附着菌 98.83--100%被杀灭。

(3)新洁尔灭消毒法：以1 ：1000(5%原液加50倍水）的溶液喷于蛋表面（但必须使药液布满表面），或在温度40—45℃的溶液中浸泡3分钟。

种蛋在消毒前最好依清洁-度将种蛋进行分类，很脏的则剔出不用于孵化，较脏的可用细砂擦净（擦蛋的细砂要勤.换），然后用洗涤水洗净。